Organem założycielskim Wojewódzkiego Ośrodka Medycyny Pracy w Zielonej Górze jest Województwo Lubuskie. Jesteśmy jednostką publiczną, której organem opiniodawczo-doradczym jest Rada Społeczna. Działalnością WOMP kieruje Dyrektor powoływany w drodze konkursu. Obecnie  funkcję tą sprawuje Pani dr Bożenna Telec.

WOMP jest ośrodkiem wielospecjalistycznym (posiada poradnie z różnych dziedzin medycyny niezbędnych do realizacji zadań służby medycyny pracy). Struktura organizacyjna naszego ośrodka wynika ze specyfiki zadań przewidzianych dla WOMP, zgodnie z ustawą o służbie medycyny pracy. W 2015 struktura została zaktualizowana i w tej formie zaakceptowana przez Zarząd Województwa. Struktura ta została przedstawiona na poniższym schemacie.
 
(kliknij aby zobaczyć w pełnej skali) 

 
Aktualny Statut Wojewódzkiego Ośrodka Medycyny Pracy w Zielonej Górze został nadany uchwałą Nr XXV/245/12 Sejmiku Województwa Lubuskiego z dnia 11 czerwca 2012 r.